完整的log如下：

Error:Execution failed for task ':app:dexDebug'.
> com.android.ide.common.internal.LoggedErrorException: Failed to run command:
    /opt/sdk/build-tools/21.1.2/dx --dex --no-optimize --output /home/linc/workspace/xxx/app/build/intermediates/dex/debug --input-list=/home/linc/workspace/xxx/app/build/intermediates/tmp/dex/debug/inputList.txt
  Error Code:
    2
  Output:
    UNEXPECTED TOP-LEVEL EXCEPTION:
    com.android.dex.DexException: Multiple dex files define Lorg/kobjects/base64/Base64;
        at com.android.dx.merge.DexMerger.readSortableTypes(DexMerger.java:596)
        at com.android.dx.merge.DexMerger.getSortedTypes(DexMerger.java:554)
        at com.android.dx.merge.DexMerger.mergeClassDefs(DexMerger.java:535)
        at com.android.dx.merge.DexMerger.mergeDexes(DexMerger.java:171)
        at com.android.dx.merge.DexMerger.merge(DexMerger.java:189)
        at com.android.dx.command.dexer.Main.mergeLibraryDexBuffers(Main.java:454)
        at com.android.dx.command.dexer.Main.runMonoDex(Main.java:303)
        at com.android.dx.command.dexer.Main.run(Main.java:246)
        at com.android.dx.command.dexer.Main.main(Main.java:215)
        at com.android.dx.command.Main.main(Main.java:106)

原来还是因ksoap2-android而起。我在上一文中修改了这个jar包并重命名，并将原jar包从目录中删除，编译通过。问题出现在今天的更新代码后，原来我没有将自己的更改提交，update后又把原来的jar包down下来了。所以两个jar包内容就出现了冲突造成了此编译错误。
将更新下来的jar删掉就可以了。