[这部电影的中文版经过了各种裁剪，故事连贯性已经稀烂无比。我把故事情节从E文维基百科转过来，下面是译文。]

故事发生在安布雷拉公司[译注：伞公司]，该公司的创始人 詹姆斯·马库斯博士，有个女儿快要早衰死亡。为了救女儿，马库斯几乎绝望，最终研发出T病毒，这种病毒可以治愈地球上任何疾病。马库斯的商业伙伴 亚历山大·艾萨克斯 见到了他的发明后，试图说服马库斯把T病毒用于军事目的。被拒绝后，艾萨克斯便命令 阿尔伯特·威斯克 处死马斯克。

故事主人公爱丽丝经历威斯克再次背叛[前部电影]，在现在已经损毁的白宫废墟了苏醒过来。在搜索幸存者过程中，红后[译注：红后是电脑系统]出现了并告知爱丽丝，她必须在48小时内返回浣熊市蜂巢[译注：一个地下大楼]，因为安布雷拉公司已经开发出了能空气传播的抗病毒，能杀死所有感染了T病毒的生物，这是人类灭绝前的最后一丝希望。当红后被问到为何背叛她的创始人时，红后回答当爱丽丝到了蜂巢后她会解释的。爱丽丝杀死了一个巨大的生物[译注：变异的大鸟]后逃离了华盛顿。

在去往浣熊市的路上，爱丽丝被艾萨克斯[译注：其实是艾萨克斯的克隆人]抓住，但爱丽丝成功逃脱了。爱丽丝后来到了现在已损毁的浣熊市[译注：曾自投核弹]，被一群幸存者抓住，这些幸存者有道克、艾比盖尔、克里斯托、克波特、瑞泽、克莱尔·雷德菲尔德。克莱尔逃离阿卡迪亚后还活着，并认出了爱丽丝。很快得知一群武器装备精良的车辆和一大波僵尸群正在向这里赶来，这些幸存者准备决一死战。经过殊死战斗终于击败了敌人，但克波特在战斗中丧生。一波之后，第二波敌人又朝这里赶来。

没有什么可防御的了[译注: 除了几把枪，其余物资都耗光了]，爱丽丝和这群人决定去蜂巢入口，入口在核弹爆炸后的大坑里。此时威斯克已经控制了蜂巢，把变异的一群警卫狗放了出来，幸存者中克里斯托不幸丧生。到了蜂巢后，红后出现了，解释背叛的原因。红后展示了一个影碟，记录下了安布雷拉公司领导层的活动，包括艾萨克斯，展示了正在开会，部署计划故意释放T病毒清理整个世界，把富人和当权者用低温荚膜封藏在蜂巢里，然后重建他们的形象。红后虽然在程序上赋予了永远不会伤害安布雷拉公司雇员，但也在程序上赋予了权衡人类生命，这就是为何她引领爱丽丝破坏艾萨克斯计划的原因。

进入蜂巢后，这群人遭遇了几个陷阱，艾比盖尔和瑞泽丧生。在蜂巢周围部署了炸弹后，爱丽丝面对真正的艾萨克斯时，被威斯克和道克[道克其实是安布雷拉公司安插到幸存者群体里的间谍]抓住。一个低温荚膜打开，艾丽西亚·马库斯 出现了，她是公司的领导之一，詹姆斯·马库斯的女儿。此刻方知原来爱丽丝就是艾丽西亚的克隆。艾萨克斯打算干掉艾丽西亚完全掌控安布雷拉公司，但是艾丽西亚令威斯克开枪杀了克莱尔[译注：威斯克刚好站门下]，因为这会导致红后关闭安全门夹断他的腿[译注：红后在程序上赋予了尽可能的保护人类生命]。道克向爱丽丝开枪，但没有子弹，因为爱丽丝在这之前就看出了他是叛徒，克莱尔一枪击毙了道克。

得到艾丽西亚的鼓舞，爱丽丝和克莱尔对抗艾萨克斯，艾沙克斯最终死在他自己的那个克隆人手上，就是爱丽丝进入浣熊市路上遇到的那个艾萨克斯。爱丽丝释放了抗病毒，杀死了赶过来的所有僵尸[译注：这些僵尸都是为了追赶艾萨克斯那个克隆人跑来的]。部署在蜂巢的炸弹爆炸，炸死了蜂巢里的所有人，包括艾丽西亚，所有冷冻中的安布雷拉公司雇员，还有威斯克。克莱尔唤醒了爱丽丝，爱丽丝活了下来，体内T病毒被抗病毒杀死了，红后加载了爱丽丝所有的童年记忆。过了一段时间，爱丽丝去曼哈顿旅行，几只大鸟正在追她，故事最后声称抗病毒可能得好几年才能蔓延到世界各地，爱丽丝的任务并没有结束。