普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合,得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA,并进行建库与测序,以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性,且组织或器官内含有多种不同类型的细胞,采用普通转录组方法进行测序时,这些细胞类型的差异可能会被平均化,从而难以区分。因此,单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于,它关注的是单个细胞级别的表达情况,而非群体平均值。