普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合，得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA，并进行建库与测序，以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性，且组织或器官内含有多种不同类型的细胞，采用普通转录组方法进行测序时，这些细胞类型的差异可能会被平均化，从而难以区分。因此，单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于，它关注的是单个细胞级别的表达情况，而非群体平均值。