前不久，一位江苏大学的师兄请我帮忙做 gromacs 分子动力学模拟，他们找公司测得了酶的 pdb 蛋白结构，想喊我帮忙做 MD 模拟预测柔性位点，便于后期进行改造。研究了几天，还是失败了。