由于数据库之间的差异，使用 NCBI CDD Search 搜索结构域有时候并不能满足我们的需要，比如我们通常使用 HMMER 来鉴定同一家族的基因并且需要进行结构域可视化，但 HMMER 所使用的数据都来自 pfam，它的数据库可能与 NCBI 的不同，因此而造成结果上的差异。