文章题为"Identification and expression pattern analysis of theOsSnRK2gene family in rice"。该文章发表于 Frontiers in Plant Science（中科院二区，IF=5.6，第一作者：Tongyuan Yu，通讯作者：Dawei Xue）。
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文章题为"Interplay between coding and non-coding regulation drives the Arabidopsis seed-to-seedling transition"。该文章发表于 scientific data（中科院一区，IF=16.6，第一作者：Benjamin J. M. Tremblay，通讯作者：Benjamin J. M. Tremblay。
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文章题为"Genome-wide identification of accessible chromatin regions by ATAC-seq upon induction of the transcription factor bZIP11 in Arabidopsis"。该文章发表于 scientific data（中科院二区，IF=9.8，第一作者：Alicia M. Hellens，通讯作者：François F. Barbier。
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在说 WGBS 之前，先来说说 DNA 甲基化。DNA 甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的 DNA 甲基化是指 DNA 序列上特定的碱基，在 DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以 S-腺苷甲硫氨酸（S-adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种 DNA 甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的 C-5 位、腺嘌呤的 N-6 位以及鸟嘌呤的 G-7 位等位点。
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本周推荐的文章为 03 月 22 日黄进课题组每周的文献分享组会上，由焦元（2021 级环境科学与工程专业本科生）分享的题为“Integrated ATAC-Seq and RNA-Seq Data Analysis to Reveal OsbZIP14 Function in Rice in Response to Heat Stress”的文章。该文章发表于 International Journal of Molecular Sciences（中科院二区，IF=5.6，第一作者：Fuxiang Qiu，通讯作者：Huaqin He）。
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染色质免疫沉淀-测序（Chip-sequencing，简称 Chip-seq）用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀（Chip）和高通量 DNA 测序，旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点，从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前，Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。
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最近在学习多组学分析，于是决定从论文复现入手，找了一篇感觉可以的文章《Integrated ATAC-Seq and RNA-Seq Data Analysis to Reveal OsbZIP14 Function in Rice in Response to Heat Stress》就直接开干了。
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ATAC-seq，全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法。
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