该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/notes/132This message is used to verify that this feed (feedId:55872483794268160) belongs to me (userId:54451360332292096). Join me in enjoying RSS on the next generation information browserhttps://follow.is.看完了？说点什么呢 ...继续阅读 (2)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/academic/xia2[!NOTE] This methods is written maybe one year ago, it's published formemorandumonly.IntroXia2is an expert system for automated reduction of X-ray diffraction data from macromolecular crystals. It's open-source and you can get its source codehere.In my workflow, Xia2 is mucheasierto use than XDS. However,you can only run Xia2 in CLIwhile there exists a GUI for XDS:XDSGUI.UsageYou can change your directory to the folder containing the images, and run the following:[object Object]Note that Xia2 can utilize kinds of pipelines to pr ...继续阅读 (28)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/geek/Cloudflare-R2%2BPicGo%2BWebP-CloudIntro此前我的图床是基于 Cloudflare + Telegraph 这两位大善人的，我本以为他们会比我的博客活得更久，因此我默认这是一个长期的解决方案，足够可靠易用，最重要的是免费。但最近 Telegram CEO 被捕，韩国也因为审查方面的原因和 Telegram 有冲突，可能受此影响，Telegraph 的图床服务已经不能上床新的图片，旧的图片尚且可以访问，但也不知道什么时候就会完蛋。于是我开始寻找新的图床解决方案，我的期望是可靠易用，最好免费，Cloudflare R2+PicGo+WebP Cloud就是这样的解决方案。本文主要参考了**这篇文章**，另外包括了WebP Cloud 自定义域名和从 Telegraph 迁移图片到 R2 图床的内容。部署我可以保证，在 2024 年 9 月这个时间点，我的部署方式是行之有效的。您需要Cloudflare 账号，并绑定信用卡（开启 R2 的必要条件）一个域名（非必须，但有的话更帅）接下来让我们开始吧...启用 Cloudflare R2打开Cloudflare 控制台，选择R2，在这里您可以看到R2的免费额度，点击同意启用。新建一个 buc ...继续阅读 (25)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/notes/131Intro之前配的眼镜抗污能力已经很差了，随便碰一下就会影响视觉效果，同时因为保护不当出现了一些细小的划痕，因此打算重新配一副眼镜。之前配的这副眼镜是我在1688配的，当时在医院做的验光，网上选了蔡司的防蓝光镜片和施洛华的纯钛镜框，总价印象中在 750 左右。当时觉得这性价比已经拉满了，后来听说丹阳配眼镜也很便宜，而且毕竟是线下，可以试戴，体验应该只会更好。从上海到丹阳往返 160 块钱左右，单程 1 个半小时左右，出了高铁站就是眼镜城，很方便，于是打算借此机会试试。镜片的选择变色镜片自从听说变色镜片之后就一直很心水，常常在阳光下刺眼难耐，而得知变色镜片并不会伤害眼睛而是保护眼睛后，就打算配一副了。根据习惯，一开始看的还是蔡司的变色镜片，东西肯定是好，但奈何价格实在是太贵，遂放弃。其他的品牌看了一圈，国产的全真光学专门做变色片，在变色性能上相比国际一线品牌有过之而无不及，在网上了解到 cbx 1.6 的定制片只需要 390 元，很心动，甚至到丹阳有一家店直接开出了 350 元的价格。但我最后还是没有配一副非常好的变色镜片。变色镜片时间长了会有明显的底色，自己往外看可能不会很明显，但别人看就像是黑眼圈一样，这不适合长时间佩戴，只适合室外场景下佩戴。最后挑选了一副全真最普通的 ...继续阅读 (26)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/geek/Linux-Mint-and-Windows-dual-system-remote-bootIntro我的小服务器上安装了双系统，先安装的 Windows 再 安装的 Linux Mint，由 GRUB 进行引导，默认引导到 Linux Mint。如果您也是这样安装的话，可以通过一下方法远程切换系统。从任意系统重启至 Linux Mint因为 GRUB 默认引导至 Linux Mint，因此直接重启即可。从 Linux Mint 引导至 Windows我的 GRUB 的引导中，我的 Windows 序号为 2（从上往下从 0 开始计数）。因此想重启到 Windows 有一个临时的设置，在下次重启时重启到某一序号，再下次重启时则失效。[object Object]从 Windows 重启到 Windows在这种情况下，需要直接重启到 Linux Mint，再用以上的方式重启到 Windows，虽然麻烦一点，但由于操作的频率也不是这么高，我认为是一个经济实惠的解决方案。看完了？说点什么呢 ...继续阅读 (58)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/geek/aria2IntroThis method introduces how to install aria2 and configure it, and how to set a startup. Then work with Alist.Install aria2Install brew:/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"' >> ~/.zshrc source ~/.zshrcInstall aria2:brew install aria2Configure the aria2:mkdir ~/.aria2 touch aria2.session vi ~/.aria2/aria2.confput these entries intoaria2.confdir=/Users/jayden/Downloads/aria2 # 断点续传 continue=true ## 下载连接相关 ## # 最大同时下载任务数, 运 ...继续阅读 (24)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/structure/Color-the-model-by-sequence-conservation-with-ConSurfConSurf | Evolutionary conservation profiles of proteins, which analyze the sequence conservation of proteins and color the model by the result, it could be helpful ifthe proteins you studied are conserved on structure but vary on the sequence.Analysis conservationAll you need to prepare is aprotein model, you need the sequence at least if you don't have one, the structure can bepredictedfrom it.If you have amultiple sequence alignment(MSA)file, you can upload it, and then the se ...继续阅读 (41)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/structure/Build-Models-for-cryo-EM-Maps-with-ModelAngeloIntroBuilding a model for a huge cryo-EM map may be annoying, especially when it's supercomplex.But now you can useModelAngleoto build models for a cryo-EM maplocally, without worry about data leakage.UsageEnsure you have met the computing requirements of ModelAngelo: mainlyGPUs with at least 8GB of memory.InstallInstall Miniconda:https://docs.anaconda.com/free/minicondaClone the repo and run the script:git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git cd model-angelo && source install ...继续阅读 (35)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/structure/XDS-Installation-Issue-on-arm64-MacRecently I encountered anXDS installation errorwhen processing a set of diffraction data, so I tried to reinstall the whole XDS-related software.When you try to install it according to theofficial guide, you caninstall the XDS package successfully, but it comes with anerrorwhen you try to installother programssuch asXDS-viewer,XDSSTAT,XDSCC12,XDSGUI,XSCALE_ISOCLUSTER,generate_XDS.INP.The official commands are:sudo su mkdir -p /usr/local/bin/mac_bin cd /usr/local/bin/mac_bin curl -O -R https://wiki ...继续阅读 (31)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/structure/Deploy-X-Ray-Data-Process-Software-on-Linux==This note is based on Linux Mint 21.3==, it should be also useful if you running a Ubuntu.XDS Related SoftwareReference：https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/InstallationXDS package:wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate # For some reason, wget cannot verify the server's SSL Certificates, add the --no-check-certificate parameter to igonre it tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/ ln -sf /usr/l ...继续阅读 (33)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/notes/129学校书院为助力未来庭院咖啡角的建设，为同学们更好理解咖啡产业商业经营、咖啡评鉴和制作工艺，出台了这次活动。（活动针对本科生，但我好像混进去了，不是）我们拜访的这家上海烘焙工坊是星巴克全球唯六的烘焙工坊之一，也是美国本土海外的第二家烘焙工坊。很多人称这家店为星巴克旗舰店，其实并非这样 ，它是一家烘焙工坊，您可以在官网了解更多。我们是早上 10 点到店的，与外面南京西路的人流量相比，店里面已经坐了不少人了。我们的活动从介绍咖啡豆的生长开始，咖啡种植主要分布在拉丁美洲、亚洲及太平洋地区和非洲，因当地的经济发展导致的**工艺差异**，使得这三个产地的咖啡豆各有特色。接下来参观了两种咖啡机对浓缩咖啡进行制作，尤其是反重力咖啡机印象深刻（您可以从**这个视频**窥见一二），有幸运的同学甚至体验了拉花。另一位同事对咖啡的烘焙进行的介绍，包括对咖啡豆烘焙的质量控制等，我们得此机会看到了咖啡出炉的一刻。Your browser does not support the video tag.烘焙咖啡豆的机器类似于波轮洗衣机，咖啡豆在里面翻滚烘焙，时间到开盖到容器里面搅拌快速冷却至室温，同时根据光谱对咖啡豆进行质量控制，合格的咖啡豆通过风力筛选出来，将咖啡豆中的杂质如石头等去除(disston ...继续阅读 (30)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/geek/PAC有一个事情困扰了我很久：我是一个深度的 macOS 用户，得易于 macOS 上优良的软件，例如 surge for mac，我能够很轻易的解决几乎所有网络问题。但这个事情在 Windows 和 Linux 上就显得比较复杂，但使用 Windows 或 Linux 依然是必要的。我不希望给每个系统都部署上一个软件，都写上一份配置文件。因此，最好的做法就是将 surge for mac 作为代理服务器，对其他设备的网络进行接管。我身处学校大内网，无法将 mac 的 ip 设置为静态，因此我需要不断更新 mac 的 ip 地址以维系这个方案。在 ChatGPT 的帮助下，写了一段脚本，自动将获取 mac 的 ip 地址并生成 PAC（Proxy Auto-Config） 配置文件，上传到我的网盘中，其他设备只需填写好配置文件的地址即可。将下面这段代码保存为generate_pac.sh，这个脚本会在同一目录下生成proxy.pac文件，并利用 alist 的 webdav 特性上传至云盘当中。#!/bin/zsh cd /Users/jayden/proxy_pac # 保证环境变量的一致以成功获取到 ip 地址。 PATH=/usr/local/bin:/usr ...继续阅读 (29)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/notes/126去年买的上海爱文亿卡快过期了，趁这个周末有时间，用一下吧，今天来到了上海野生动物园。好久没到动物园了，一直觉得动物园是带小朋友玩和学习的地方。在不一样的年纪看到这些动物的感触还是很不一样，比如第一次见到了无数文创产品上面的火烈鸟🦩。作为游记其实没什么可说的，动物园还是需要亲身感受，静态的照片很难有交互的感觉。上次在临海意外看到了失足孔雀，但没有看到开屏🦚的样子，今天一进园就看到了开屏的孔雀，真的是非常幸运。不多说了，看看照片吧（以下照片根据横版和竖版进行分类）。:::gallery:::看完了？说点什么呢 ...继续阅读 (31)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/geek/Paint-avatars-with-Stable-Diffusion本文大部分内容参考这个视频Intro用到的资源：Stable Diffusion 整合包：https://www.bilibili.com/read/cv22159609/Stable Diffusion 模型：https://tusi.cn/models/605039709506335625LoRA 模型：https://tusi.cn/models/620507699483853069具体操作首先挑选一张合适的照片：主体、内容明确，不需要细节，我挑选的照片是这张：根据视频在图生图中填入这些提示词：(white background:1.1),(simple background:1.1),(chibi),thick outline,happy,mugshot将照片导入到WD 1.4 标签器当中，得到了这些提示词：outdoors, ocean, solo, day, black hair, 1boy, from behind, male focus, horizon, water, shorts, sky, photo background, rock, scenery, holding, sh ...继续阅读 (31)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/notes/120不知道从什么时候开始，也许是疫情后，形成了一种旅游热，只要是稍微热门的景点，每到节假日必定是人挤人。在这种情况下，节假日出行目的地的选择就特别重要，人流量已经是必须考虑非常影响体验的因素之一。本次出游时间是五一假期的前两天以及五一假期的第一天，留了一天时间见识见识假期的人流量，错峰出行但又没完全错峰出行。目的地也是选了很久，选来选去最终还是决定去台州。台州的旅游景点非常分散，有山，有海，有古城。但我们只有三天时间，为了旅途轻松些，选择了海和古城，山下次再来吧！温岭温岭主要游玩景点是海边的小渔村，我们抵达的时候正是五一前两天，游客不多，这也使得我们一窥当地人的日常。先来一些暴论：这里不适合大多数人来旅游。如果你来到海边旅游，想吃海鲜，那么山东威海、烟台、青岛一定是更好的选择；这里的交通、旅游体验实际上不容乐观，逼仄的道路，一到村里就能感受到明显的腥味；旅游景点不多，仅有沿着海边的一小段，且受天气影响非常大，如果下雨差不多就只能在酒店度过了。但如果你旅游就是为了感受当地的人文景观和风采，这里还不错。这样的小渔村在全国估计也没几个，这里的村民大多做着自己的本职工作，可以近距离观察他们的生活。交通方面，最好是自驾。我们坐高铁到温岭站后又坐了一个半小时公交车才到若山车站。这里的道路 ...继续阅读 (29)

该渲染由 marked 生成，可能存在排版问题，最佳体验请前往：https://xxu.do/posts/geek/update-Mix-Space-and-Shiro迫@innei大佬一天数更的更新速度，为保证随时体验到最新的特性，写一个脚本来每日自动更新 Mix-Space 和 Shiro 非常有必要。更新脚本我的 Mix-Space 后端是用Docker Compose部署的，而前端是 Shiro 的闭源版本Shiroi，编译后进行部署。更新前后端的脚本如下：#!/usr/bin/zsh # 定义路径和版本变量 BACKEND_PATH="/root/mix-space/core" FRONTEND_PATH="/root/mix-space/Shiroi" NODE_VERSION="/root/.nvm/versions/node/v20.12.2/bin" DATE=$(date) # 更新后端 echo "开始更新后端..." cd $BACKEND_PATH if docker compose pull && docker compose up -d; then echo "后端更新完毕。" else echo "后端更新失败。" exit 1 fi # 清除冗余的 Docker 镜像 /usr/bin/docker system pr ...继续阅读 (28)